Миндалины: язычные и глоточные (непарные), небные и трубчатые (парные) - расположены у входа в глотку из полости рта и из носовой полости, то есть на пути к пище и вдыхаемому воздуху. Пища перед расщеплением на аминокислоты, простые сахара и эмульгированные жиры - это чуждый продукт для организма. Во вдыхаемом воздухе всегда присутствует небольшое количество пыли и других посторонних частиц. Кроме того, наряду с пищей и вдыхаемым воздухом, микроорганизмы и продукты их жизнедеятельности могут проникать в организм человека. Таким образом, миндалины, образующие глотовое лимфоидное кольцо (кольцо Пирогова-Вальдеева) вокруг входа в глотку, являются важными органами иммунной системы, которые впервые вступают в контакт с инородными веществами, попадающими в пищеварительный и дыхательный тракт человека.

Миндалины представляют собой кластеры лимфоидной ткани, содержащие меньшие размеры более плотных клеточных масс - лимфоидные узлы.

Лингвальная личинка миндалин непарная, она лежит под многослойным эпителием слизистой оболочки корня языка, часто в виде двух кластеров лимфоидной ткани. Граница между этими кластерами на поверхности языка - это сагиттально ориентированная медианная борозда языка, а в глубине органа - перегородка языка.